Terbentuknya Kantor Regional I Badan Kepegawaian Negara Yogyakarta tidak terlepas dari perkembangan Pemerintahan Indonesia dari periode ke periode yang diawali dengan dibentuknya Kantor Urusan Pegawai (KUP) berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 11 Tahun 1948 Tanggal 30 Mei 1948. Hal tersebut merupakan titik awal perjalanan pengabdian BKN yang ditetapkan sebagai institusi yang diserahi kewenangan dalam pembinaan PNS.

Pada saat terbentuknya, KUP berkedudukan di Ibukota Pemerintahan (pada waktu itu di Yogyakarta). KUP berada di bawah dan bertanggungjawab pada Presiden.

Tugas Kantor Urusan Pegawai sebagai berikut:

• Mengurusi segala sesuatu mengenai kedudukan dan gaji Pegawai Negeri Sipil
• Mengawasi pelaksanaan peraturan kepegawaian
• Memberi petunjuk dan melakukan koreksi terhadap pelaksanaan peraturan kepegawaian
• Mengusulkan perubahan-perubahan peraturan kepegawaian

Sebelum dibentuknya KUP, telah ada suatu lembaga yang mengurusi masalah kepegawaian. Lembaga tersebut bernama Kantor Urusan Umum Pegawai (KUUP), dibentuk dengan Keputusan Letnan Gubernur Jenderal di Hindia Belanda Nomor 10 tanggal 20 Februari 1946, dan berada di bawah Departemen Sosial. Dengan Keputusan Pejabat yang sama Nomor 13 Tahun 1948, dan dengan membatalkan keputusan sebelumnya dibentuk Djawatan Urusan Umum Pegawai (DUUP) yang berkedudukan langsung di bawah Gubernur Jenderal. KUP dan DUUP melaksanakan kegiatannya sendiri-sendiri sehingga pada masa itu terjadi dualisme dalam pembinaan pegawai. Satu di bawah Pemerintah Republik Indonesia dan di pihak lain pembinaannya berdasarkan Keputusan Gubernur Jenderal Hindia Belanda bagi para Pegawai Pemerintah Federal.

Sejak Republik Indonesia Serikat dibubarkan dan kembali ke negara kesatuan. Pemerintah memusatkan urusan kepegawaian yang sebelumnya diselenggarakan oleh KUP di Yogyakarta dan DUUP di Jakarta. Sehubungan dengan hal tersebut dikeluarkan Peraturan Pemerintah Nomor 32 Tahun 1950 tanggal 15 Desember 1950. Dengan peraturan tersebut maka KUP dan DUUP dilebur menjadi satu ke dalam kantor Urusan Pegawai (KUP) yang berkedudukan di Jakarta. Kedudukan KUP diperkuat dengan dikeluarkannya Undang-undang Nomor 18 Tahun 1961 tentang Ketentuan Pokok Kepegawaian. Hal ini terus berlanjut sampai dibentuknya Badan Administrasi Kepegawaian Negara (BAKN) berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 32 Tahun 1972. Terbentuknya BAKN tidak terlepas dari perkembangan administrasi kepegawaian pada saat itu yang dirasakan semakin meningkat peranannya. Untuk memperkuat hal tersebut maka ditetapkanlah Undang-undang Nomor 8 tahun 1974 tentang Pokok Pokok Kepegawaian.

Seiring berjalannya waktu, dibentuklah Kantor Wilayah BAKN di tingkat Provinsi berdasarkan Kepres Nomor 53 Tahun 1980 untuk meningkatkan mutu pelayanan kepada PNS. Kepres tersebut kemudiaan direalisasikan dengan Keputusan Kepala BAKN Nomor 2035/Kep/1981 Tanggal 6 Agustus 1981 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kanwil BAKN. Berdasarkan Keputusan Kepala BAKN Nomor 211/KEP/84 Tanggal 10 Juli 1984, dibentuklah Kantor Wilayah I BAKN yang berkedudukan di Yogyakarta, dengan wilayah kerja Provinsi Jawa Tengah dan Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta.

Semenjak dilaksanakannya otonomi daerah, dimana kewenangan pembinaan kepegawaian diserahkan kepada masing-masing daerah, nama BAKN berubah menjadi Badan Kepegawaian Negara (BKN), dimana BKN sebagai lembaga yang mempunyai kewenangan menetapkan Norma, Standar dan Prosedur Pembinaan Kepegawaian secara Nasional, sedangkan fungsi administratifnya diserahkan kepada masing-masing Daerah/ institusi. Sebagai konsekuensi dari perubahan nama tersebut maka berdasarkan Keputusan Kepala BKN Nomor 03/KEP/2000 nama Kantor Wilayah BKN berubah menjadi Kantor Regional BKN.

Daftar pejabat yang pernah memimpin Kanreg I BKN Yogyakarta sebagai berikut